המדרשה הוקמה ברוח חזונו של דוד בן גוריון, ראש ממשלתה הראשון של מדינת ישראל, להוות קריה לחינוך ולמדע. רעיון הקמת המדרשה נולד בשנת 1953, בעת סיור עבודה שערכודוד בן-גוריון וקבוצת מלווים באזור נחל צין. במהלך שנות ה-50 המאוחרות, כאשר שהה בן-גוריון בקיבוץ שדה-בוקר, קרם הרעיון עור וגידים. בשנת 1962 החלה בניית המבנים הראשונים במקום ובשנת 1963 נפתח בי"ס שדה שדה בוקר. החל מאמצע שנות ה-70 עוצבה דמותה החינוכית של מדרשת שדה בוקר, כמרכז ארצי ובינלאומי לחינוך סביבתי. במדרשה פועלים מספר מוסדות חינוך המופעלים על ידי תאגיד מדרשת שדה-בוקר, שהיא חברה ממשלתית. כמו כן מפעילה המדרשה מערך של כ-150 דירות שירות המשמשות בעיקר את הסגל החינוכי, האקדמי והמנהלי העובד במקום.
במקביל למוסדות החינוך, התפתחו כאן שני מכוני מחקר אוניברסיטאיים (שניהם גופי מחקר של אוניברסיטת בן-גוריון):המכונים לחקר המדבר, ומכוני בן-גוריון לחקר ישראל והציונות. בישוב גם חממה טכנולוגית "איריס", המהווה כר ליזמות עסקית וטכנולוגית.
במדרשת בן גוריון קיימות שתי שכונות "בנה-ביתך":
שכונת נווה-צין, הוותיקה, בנויה ברובה וכוללת כ-80 מגרשים. כל המגרשים נמכרו, אך קיימת אפשרות להשכרה או לרכישה מבודדים.
בשכונת נווה בוקר (שלב א') נסתיימו ואוכלסו מעל 50 יחידות דיור (מתוך 98 מגרשים) ובימים אלו מסיימים שלב ראשון של עבודות הפיתוח בשלב א. כל המגרשים הוקצו למשתכנים הנמצאים בשלבים שונים של הבניה.
לפרטים: יו"ר העמותה איתן ביטון או עוזי חבשוש רכז התיישבות במועצה האזורית בטל' 08-6564184. ניתן לפנות לעמותה גם באימייל klita.neveboker@gmail.com .
המדרשה כישוב קהילתי ברמת הנגב
המדרשה קיבלה מעמד של ישוב קהילתי בינואר 2003 וביישוב ועד מקומי נבחר, המתחיל לתפקד כישות המוניציפלית ביישוב. חברי הוועד והיו"ר נבחרים במועד הבחירות המוניציפליות באזור ומכהנים ללא שכר.
מדרשת בן-גוריון שייכת ליישובי המועצה האזורית רמת-הנגב, וסמכויות הועד המקומי מואצלות לו ע"י המועצה האזורית מדי שנה.
בשל אופיו הייחודי של הישוב, מרכזיותו של התאגיד החינוכי והעובדה ששטחי הישוב (מלבד שכונות בנה-ביתך) הינן בבעלות יד דוד-בן גוריון, תהליך ההגדרה העצמית של הישוב טרם הושלם. מתוך כך, חלק מהשירותים המוניציפליים בישוב ניתנים על-ידי התאגיד, וחלקם על-ידי הועד המקומי ו/או המועצה. מומלץ להתעדכן במשרד הועד, מכיוון שייתכנו שינויים במהלך השנה. כך למשל, עוסק הועד היום בנושא הביטחון, תרבות, חינוך פורמלי בגילאים הצעירים, חינוך בלתי פורמלי, וכן גינון, מים וחשמל בשכונות נווה-צין (ובאופן חלקי בנווה-בוקר). התאגיד וקופ"ח כללית שותפים בהפעלת המרפאה, התאגיד אחראי על גינון, תאורה, חשמל ומים בחלק הוותיק של הישוב, ואילו המועצה מטפלת בפינוי אשפה וגזם בכל הישוב.
תקציב הועד ועובדי הועד נזקקים לאישור המועצה. אופן עבודת הועד והנהלים המחייבים אותו מוגדרים בצו המועצות האזוריות. חלק מחברי הוועד המקומי משמשים גם כנציגי היישוב במליאת המועצה ובועדותיה.
לוועד מספר עובדים בשכר (בחלקיות משרה...): מזכיר/גזבר, מזכירה טכנית, רכזת נוער, רכזת תרבות ושומר לילה. כמו-כן מבוסס חלק גדול מהעשייה בקהילה על מעורבות של תושבים, בעיקר דרך עבודת ועדות משנה בתחומים שונים: חינוך, נוער, תרבות, ביטחון, גינון, איכות סביבה ועוד. תושבים גם שותפים לשמירה, ולכיתת כוננות. יוזמות תושבים לשיפור איכות החיים בישוב מתקבלות בברכה ויזכו לתמיכת ועידוד הועד. ידיעות הוועד, היישוב והאזור מתפרסמות על-גבי לוחות המודעות ובידיעון, המחולק לתיבות הדואר פעם בשבוע (בימי חמישי) ומופץ בדואר האלקטרוני.
